При решении вопроса о восстановлении НДС в случае выбытия имущества по причине, не связанной с реализацией, Минфин рекомендует руководствоваться п. 10 постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33.

В нем, в частности, разъяснено, что при определении налоговых последствий выбытия (списания) имущества в результате наступления событий, не зависящих от воли налогоплательщика (утрата имущества по причине порчи, боя, хищения, стихийного бедствия и тому подобных событий), необходимо иметь в виду, что исходя из содержания п. 1 ст. 146 НК РФ такое выбытие не является операцией, учитываемой при формировании объекта налогообложения НДС. Однако налогоплательщик обязан зафиксировать факт выбытия и то обстоятельство, что имущество выбыло именно по указанным основаниям, без передачи его третьим лицам. Если это не подтверждено, судам надлежит исходить из наличия у него обязанности исчислить НДС по правилам, установленным п. 2 ст. 154 НК РФ для случаев безвозмездной реализации.

Таким образом, вместо восстановления НДС по недостающему (утраченному, испорченному) имуществу существует риск доначисления налога на его безвозмездную реализацию.